Çok da uzak olmayan bir gelecekte, dünyanın büyük bir kısmı deniz altında kalmış veya depremlerle yok olmuştur. Bu kargaşanın merkezinde gizemli Orphan bulunmaktadır. Orphan, bu felaketlerin asıl nedeni olabilir de olmayabilir de. Orphan’ın amacı, denizin derinliklerinde gizlenmiş bir gemiyi yüzeye çıkarmaktır, ancak bunu yapması halinde Orphan’a sadık olan az sayıdaki insan dışında tüm insanlık yok olacaktır.
Orphan’ın ajanları, Grand Cheres olarak bilinen gizemli mekanizmaları kullanır ve ara sıra ortaya çıkan, yüksek hızlarda uçan ve yere çarptıklarında kırsal alanların veya şehirlerin çoğunu tahrip eden gizemli dev diskleri aramak için dünyayı dolaşırlar. Ölmek üzere olan bir disk Hime’yi neredeyse öldürürken, diskten bir Brain Powerd doğar. Brain Powerd’lar, Grand Cheres’e benzeyen ancak onlarla aynı olmayan başka bir mekanizma türüdür.
Hime, Brain Powerd’ın pilotu olur, yaşayan mecha ile simbiyotik bir ilişki kurar ve Orphan’ı durdurmaya veya en azından Orphan başarılı olursa insanlığı kurtarmaya adanmış Uluslararası Örgüt’e katılır.