Ordon Köyü’nden bir çoban olan Link, çocukluk arkadaşı Ilia da dahil olmak üzere köy çocuklarının canavarlar tarafından kaçırıldığını görür. Link dünyasını alacakaranlıkla kaplı bulmak için onların peşinden koşar. Bunun üzerine Link aniden kurda dönüşür ve Midna adında gizemli bir karakter bulur. Ardından dünyaya ışığı geri getirme yolculuğu başlar.